Di masa Revolusi Fisik pada tahun 1945-1949, Bung Tomo menjabat sebagai Ketua Umum Barisan Pemberontakan Rakyat Indonesia (BPRI). Selain itu, dia juga pernah menjadi Dewan Penasihat Panglima Besar Jenderal Soedirman dan Ketua Badan Koordinasi Produksi Senjata seluruh Jawa dan Madura.
Presiden Soekarno juga pernah melantiknya menjadi anggota pucuk pemimpin Tentara Nasional Indonesia dengan pangkat mayor jenderal.