Sementara itu, Direktur Jenderal Perundingan Perdagangan Internasional Kementerian Perdagangan (Kemendag) Djatmiko Bris Witjaksono menyebut bahwa BTA berbeda dengan bentuk kerja sama perdagangan seperti Free Trade Agreement, meskipun kedua negara merupakan anggota ASEAN yang seharusnya diberlakukan bea nol persen.
“Secara faktual, jika kita hanya terbatas melihat dalam kerangka skema ASEAN, maka seharusnya bea masuk terhadap barang dari Indonesia-Malaysia sudah nol persen. Namun, dalam BTA diberikan beberapa pengecualian ketentuan ekspor dan impornya dengan tujuan tidak memberatkan masyarakat kita di perbatasan,” kata Djatmiko.
Setelah ditandatangani, kedua negara akan melanjutkan proses ratifikasi sesuai dengan ketentuan yang berlaku di masing-masing negara sebelum BTA diberlakukan dan dapat memfasilitasi masyarakat di perbatasan.