Anggota dewan pengawas Danantara diangkat dan diberhentikan oleh presiden. Mereka diangkat selama masa jabatan lima tahun dan dapat diangkat kembali untuk satu kali masa jabatan berikutnya.
Dewan pengawas memiliki tugas melaksanakan pengawasan atas penyelenggaraan badan yang dilakukan oleh badan pelaksana.
Dewan pengawas atas persetujuan presiden berwenang menyetujui rencana kerja dan anggaran tahunan beserta indikator kinerja utama yang diusulkan badan pelaksana, melakukan evaluasi pencapaian indikator kinerja utama.
Lalu, menerima dan mengevaluasi laporan pertanggungjawaban dari badan pelaksana, menyampaikan laporan pertanggungjawaban dewan pengawas dan badan pelaksana kepada presiden.
Menetapkan remunerasi dewan pengawas dan badan pelaksana, mengusulkan peningkatan atau pengurangan modal badan kepada presiden, menyetujui laporan keuangan tahunan badan, dan memberhentikan sementara anggota Badan Pelaksana.
Sementara itu, badan pelaksana berasal dari unsur profesional dan salah satu anggotanya diangkat menjadi kepala. Seluruh anggota badan pelaksana diangkat dan diberhentikan oleh presiden.
Senada, masa jabatan anggota badan pelaksana adalah lima tahun dan dapat diangkat kembali hanya untuk satu kali masa jabatan berikutnya.
Badan pelaksana bertugas menyelenggarakan pengurusan operasional badan, merumuskan dan menetapkan kebijakan badan, melaksanakan kebijakan dan pengurusan operasional badan, menyusun dan mengusulkan remunerasi dari dewan pengawas dan badan pelaksana kepada dewan pengawas.
Kemudian, menyusun dan mengusulkan rencana kerja dan anggaran tahunan beserta indikator kinerja utama kepada dewan pengawas.
Menyusun struktur organisasi badan dan menyelenggarakan manajemen kepegawaian termasuk pengangkatan, pemberhentian, sistem penggajian, remunerasi, penghargaan, program pensiun dan tunjangan hari tua, serta penghasilan lain bagi pegawai badan, serta mewakili badan di dalam dan di luar pengadilan.