Ahmad Fajar mengawali kariernya di Bank Bumi Daya (BBD) sebagai analis, mengelola pengembangan jaringan kantor dan kemudian banyak berkecimpung di bidang treasury, yaitu sebagai foreign exchange dealer, money market dealer, corporate sales, derivatives dealer.
Pada saat BBD merger menjadi Bank Mandiri, Ahmad Fajar bergabung dengan Treasury Group PT Bank Mandiri (Persero) setelah menyelesaikan tugas belajar pada 1999. Jabatan terakhir di Bank Mandiri adalah Vice President sebagai Head of Fixed Income dan Capital Market, Treasury Group.
Kemudian pada 2008 hingga Desember 2013, Ahmad Fajar menjabat sebagai Direktur Treasury & International Banking di PT Bank Mutiara Tbk, lalu menjabat Direktur Utama PT Bank Mutiara Tbk, sejak 2014 hingga 2016, dia menjabat sebagai Direktur Utama PT Bank Jtrust Indonesia Tbk.
Ahmad Fajar menjabat sebagai Komisaris PT Bank JTrust Indonesia Tbk sejak 2016-2018. Kemudian, dia bergabung di PT Bank Victoria International Tbk sebagai dirut berdasarkan Akta Rapat Umum Pemegang Saham Tahunan 2018.
Saat ini, Ahmad Fajar tidak sedang menjabat di perusahaan maupun lembaga lain. Dia juga tidak memiliki hubungan afiliasi, baik dengan anggota dewan komisaris, anggota direksi lainnya maupun dengan pemegang saham utama dan pengendali.