2. Magister Manajemen yang berdiri sejak 2010 dan sudah terakreditasi "A" dari BANPT dan dalam proses akreditasi internasional dari FIBAA Jerman. Pada Magister Manajemen ini terdapat empat konsentrasi, yaitu: (1) Keuangan; (2) Sumber Daya Manusia; (3) Pemasaran; dan (5) Strategis.
Magister Manajemen ini dibuka untuk pendaftar dengan latar belakang S1 Manajemen yang dapat diterima tanpa matrikulasi, sementara non-Manajemen harus mengikuti matrikulasi. Selain itu juga untuk Magister Manajemen menerima mahasiswa beasiswa dari Kemenag yang sudah berlangsung sejak tahun 2022. Bagi mahasiswa yang dapat menyelesaikan studi ini akan mendapat gelar M.M. (Magister Manajemen).
3. Magister Pendidikan Ekonomi yang berdiri sejak sejak 2023 dan sudah terakreditasi minimal BANPT. Magister Pendidikan Ekonomi ini dibuka untuk pendaftar dengan latar belakang S1 Pendidikan Ekonomi dan Bisnis yang dapat diterima tanpa matrikulasi, sedangkan non-S1 Kependidikan Ekonomi dan Bisnis harus mengikuti matrikulasi.
Bagi mahasiswa yang dapat menyelesaikan studi ini akan mendapat gelar M.Pd. (Magister Pendidikan). Ketiga program studi Magister (S2) yang dibuka oleh FE UNJ pada tahun 2024 ini dibuka pendaftaran mulai 9 Januari 2024 hingga 16 Maret 2024.
Pada program studi Magister (S2) ini terdapat dua jenis kelas yang ditawarkan, yaitu: (1) Kelas Reguler yang dimana perkuliahan dilakukan pada Senin hingga Jumat; dan Kelas Non-Reguler yang dimana perkuliahan dilakukan pada hari Jumat malam hingga Sabtu, serta memberikan fleksibilitas kepada calon mahasiswa.
Calon mahasisea yang ingin mendaftar dapat mencari informasi lebih lanjut dan pendaftaran dengan mengunjungi website Penmaba UNJ di laman http://penmaba.unj.ac.id.
Sementara itu, Dekan FR UNJ, Prof Usep Suhud mengatakan kerja sama antara FE UNJ dengan Kemenag menunjukkan bahwa prodi-prodi di FE UNJ sangat layak dan dipercaya untuk mengembangkan sumber daya manusia nusantara yang sesuai dengan nilai dua kementerian.