Bangunan masjid terdiri atas tiga bagian, yaitu Kubah Utama, Plaza Terbuka dan Minaret. Kubah Masjid mengambil konsep simbol sorban dan bentukan galaksi andromeda sebagai ketakberhinggaan semesta alam raya.
Kemudian Plaza Terbuka memberikan ketegasan aksis arah Kiblat, menerus ke arah Menara Minaret. Bentukan Minaret yang dinamis menghadirkan putaran semesta meliuk ke atas atau keilahian.
Pembangunan Masjid Negara di bawah tanggung jawab Balai Prasarana Permukiman Wilayah (BPPW) Kalimantan Timur dengan kontraktor pelaksana PT. Adhi Karya – PT. Hutama Karya KSO. Secara kontrak pelaksanaan pembangunannya sudah dimulai sejak November 2023 dengan masa waktu pelaksanaan 400 hari kerja.