Berikut beberapa titik yang akan menjadi jalur Kereta Cepat Jakarta-Surabaya. Di sisi utara kemungkinan akan melintasi beberapa kota, termasuk Cirebon, Semarang, Yogyakarta, Solo, dan Surabaya.
Sementara itu, jika jalur tengah yang dibangun, maka tidak akan melewati Semarang, melainkan Purwokerto.