Bagi pengguna jalan tol dari arah Bekasi yang masuk melalui Gerbang Tol (GT) Marga Jaya 2 dan keluar melalui exit Tol Pondok Kelapa, Jatiwaringin, Cipinang dan Jalan D.I. Panjaitan akan dikenakan tarif Zona 4, adapun tarif Zona 3 akan berlaku pada pengguna jalan yang masuk melalui GT Jakasampurna dan keluar pada exit Tol tersebut.
Bagi pengguna jalan dari arah Bekasi yang masuk melalui GT Pondok Kelapa 2 dan GT Jatiwaringin 2 menuju Jakarta masing-masing akan dikenakan tarif Zona 2 dan 1. Sedangkan bagi pengguna jalan tol dari arah Jakarta yang keluar pada GT Jatiwaringin 1, GT Pondok Kelapa 1, GT Bintara Jaya, dan GT Marga Jaya 1 masing-masing akan dikenakan tarif Zona 1, 2, 3, dan 4.
KKDM telah menerima izin pengoperasian Jalan Tol berdasarkan Keputusan Menteri Pekerjaan Umum dan Perumahan Rakyat (PUPR) tentang Penetapan Pengoperasian Jalan Tol Bekasi–Cawang–Kampung Melayu Seksi 2A dan 2A Ujung Ruas Jakasampurna–Marga Jaya.