Adapun jajaran dewan komisaris dan direksi Pelindo, yakni:
Dewan Komisaris:
- Komisaris Independen (Plt Komisaris Utama): Marsetio
- Komisaris Independen: Irma Suryani Chaniago
- Komisaris Independen: Heru Sukanto
- Komisaris: Antonius Ranier Haryanto
- Komisaris: R. Agus H. Purnomo
- Komisaris: Didi Sumedi
- Komisaris: Sudung Situmorang
Dewan Direksi:
- Direktur Utama: Arif Suhartono
- Wakil Direktur Utama: Hambra
- Direktur Keuangan dan Manajemen Risiko: Mega Satria
- Direktur Sumber Daya Manusia dan Umum: Ihsanuddin Usman
- Direktur Strategi: Prasetyo
- Direktur Investasi: Boy Robyanto
- Direktur Pengelola: Putut Sri Muljanto.
Sementara, tupoksi yang diemban subholding Pelindo, pertama, PT Terminal Petikemas Indonesia membidangi urusan terminal peti kemas di seluruh Indonesia. Kedua, PT Pelindo Multi Terminal bertanggung jawab menangani barang di luar peti kemas.
Ketiga, PT Pelindo Jasa Maritim mengelola seluruh aktivitas penunjang terkait kemaritiman seperti jasa tunda dan labuh. Keempat, PT Pelindo Solusi Logistik bertanggung jawab atas penunjang aktivitas pelabuhan lainnya.