Namun pada kenyataannya, penerapan GCG pada KBN ini masih menimbulkan banyak pertanyaan. Pertanyaan-pertanyaan itu muncul dari hasil laporan auditor independen Ishak Saleh Soewondo & Rekan yang telah mengaudit laporan keuangan KBN.
Salah satu masalah GCG itu adalah terjadinya perselisihan hukum antara PT KBN dengan anak perusahaannya sendiri yaitu PT KCN. Di mana PT KBN justru mengajukan gugatan hukum terhadap PT KCN, yang berujung pada kekalahan PT KBN di tingkat kasasi MA. Permasalahan hukum itu muncul karena keinginan PT KBN untuk menguasai 50 persen saham pada PT KCN.
Padahal sejak kesepakatan awal PT KBN dan investor yang juga telah direstui pemegang saham PT KBN sendiri, yakni Kementerian BUMN & Gubernur DKI Jakarta, Proyek KCN adalah Proyek NON APBN/APBD.