Pengembangan Stasiun Manggarai juga diharapkan dapat meningkatkan waktu perjalanan dari 7 menit menjadi 3 menit. Kemudian, meningkatkan jumlah penumpang menjadi 2 juta per hari, dan menambah jumlah KRL dari 400 menjadi 800 per hari.
Berdasarkan rencana awal, pengembangan di Stasiun Manggarai ditargetkan untuk dikerjakan dalam tiga tahapan. Tahap pertama adalah pembangunan Stasiun Manggarai sisi barat yang dikhususkan untuk kereta api bandara dan KRL Bogor Line.
Pembangunan tersebut berupa dua jalur kereta api bandara, dua jalur KRL Commuter Line, dan empat jalur elevated Bogor Line serta fasilitas intergrasi berupa skybridge. Pembangunan tahap ini telah selesai pada tahun 2021.
Pembangunan tahap kedua adalah pembangunan Stasiun Manggarai sisi Timur untuk KRL. Tahap ini akan dibangun untuk KRL Commuter Line at grade beserta concourse lantai 2. Pembangunan tahap kedua ini ditargetkan selesai pada tahun 2023.
Pembangunan tahap ketiga adalah pembangunan sisi Timur untuk Kerata Api Jarak jauh. pada tahapan ini, akan dibangun enam jalur Kerata Api main line elevated yang ditargetkan selesai pada tahun 2025.