Kemudian pada era pemerintahan Presiden Soeharto, Sudono juga pernah berbisnis di dunia perbankan dengan mendirikan Bank Windu Kencana dan Bank Central Asia (BCA).
Tidak hanya berbisnis sendirian, Sudono bersama tiga rekan bisnisnya yakni Djuhar Sutanto, Sudwikatmono dan Ibrahim Risjad (belakangan dikenal sebagai The Gangs of Four) juga membangun sebuah perusahaan tepung terigu terbesar di Indonesia yaitu, PT Bogasari. Kala itu, PT Bogasari menguasai ⅔ pasar terigu Indonesia.
Meskipun demikian, perjalan Sudono tidak selalu mulus, Sudono juga pernah mengalami kejatuhan dalam bisnisnya pada tahun 1997. Saat itu krisis moneter melanda Indonesia, kerajaan bisnisnya sempat goyah karena memiliki utang yang cukup besar, yang dilaporkan mencapai Rp52 triliun.
Untuk menutupi utangnya tersebut Sudono kemudian terpaksa melepas beberapa perusahaannya seperti PT Indocement Tunggal Perkasa, BCA, dan PT Indomobil Sukses Internasional.
Usai dilanda gelombang masalah tersebut, Sudono yang tidak mau berlama-lama terpuruk segera bangkit melalui perusahaan yang masih dimilikinya, yakni PT Indofood Sukses Makmur Tbk, yang menghasilkan produk Indomie yang dikenal sampai di kancah dunia.
Sehingga pada tahun 2006, kiprah Sudono di dunia bisnis menemukan kejayaannya kembali. Bahkan, dia menduduki peringkat nomor 10 dalam daftar orang terkaya di Indonesia versi majalah Forbes. Kekayaannya pada saat itu ditaksir mencapai 800 juta dolar AS.
Sudono meninggal dunia pada 10 Juni 2012 dan mempercayakan bisnisnya kepada sang anak, Anthoni Salim.