Sementara itu, temuan KPK terkait potensi kerentanan korupsi itu pada proyek jalan tol terletak di masalah tata kelola. Misal dari proses perencanaan, peraturan pengelolaan jalan tol yang digunakan masih menggunakan aturan lama, akibatnya rencana pembangunan tidak mempertimbangkan perspektif baru seperti kompetensi ruas tol dan alokasi dana pengadaan tanah.
Soal proses lelang, KPK menilai dokumen lelang tidak memuat informasi yang cukup atas kondisi teknis dari ruas tol, sehingga pemenang lelang harus melakukan penyesuaian yang mengakibatkan tertundanya pembangunan.
Di proses Pengawasan, KPK menilai belum ada mitigasi permasalahan yang berulang terkait pemenuhan kewajiban BUJT, sehingga pelaksanaan kewajiban BUJT tidak terpantau secara maksimal.
Pada potensi benturan kepentingan, menurut KPK, investor pembangunan didominasi oleh 61,9 persen kontraktor pembangunan, yakni BUMN Karya. Akibatnya terjadi benturan kepentingan dalam proses pengadaan jasa konstruksi.
Selain itu, tidak aturan lanjutan tentang penyerahan pengelola jalan tol, sehingga mekanisme pascapelimpahan hak konsesi dari BUJT ke pemerintah menjadi rancu. Lemahnya pengawasan pun mengakibatkan sejumlah BUTJ tidak membayar kewajibannya hingga berpotensi menimbulkan kerugian keuangan negara hingga Rp4,5 triliun.
Kementerian PUPR belum memberikan tanggapan mengenai hal tersebut saat dikonfirmasi.