Pekerjaannya tersebut mengantarkannya bertemu dengan pengusaha kayu dari Malaysia, Bong Sung On atau Burhan Uray, yang membuatnya mengenal bisnis perkayuan. Kemudian, Prajogo bergabung menjadi karyawan di perusahaan milik Burhan, PT Djajanti Grup pada 1969.
Prajogo kemudian mendapatkan kepercayaan menjadi General Manager (GM) Pabrik Plywood Nusantara di Gresik setelah tujuh tahun bekerja. Setelah setahun menjabat GM, dia memutuskan keluar dari perusahaan dan membangun bisnis perkayuan sendiri dengan meminjam modal dari bank.
Kemudian pada 1970 Prajogo membeli sebuah perusahaan yang sedang krisis finansial, yakni CV Pacific Lumber Coy. Perusahaan ini merupakan cikal bakal Barito Pacific Timber.
Prajogo mampu menyulap Barito Pacific Timber maju pesat dan menjadi perusahaan kayu terbesar di Indonesia. Pada 1993, Barito Pacific Timber menjadi melantai di Bursa Efek Indonesia (BEI).
Pada 2007, Barito Pacific Timber berganti nama menjadi Barito Pacific. Perusahaan juga melakukan ekspansi dengan mendirikan PT Chandra Asri Petrochemical Center dan PT Tri Polyta Indonesia Tbk yang menjadi produsen petrokimia terintegrasi terbesar di Indonesia.
Tak berhenti sampai disitu, pada Maret 2022 Barito pacific mengambil alih produsen energi panas Star Energy, dengan mengakuisisi 33 persen saham dari BCPG Thailand seharga 440 juta dolar AS.