Profesinya sebagai sopir angkutan ini malah mengantarkannya bertemu dengan Bong Sung On atau Burhan Uray, pengusaha kayu dari Malaysia, yang membuatnya mengenal dunia usaha perkayuan.
Dia kemudian memutuskan bergabung menjadi karyawan di perusahaan milik Burhan, PT Djajanti Grup pada 1969. Hanya dalam jangka waktu tujuh tahun, Prajogo mendapat kepercayaan dan diangkat menjadi general manager (GM) Pabrik Plywood Nusantara di Gresik.
Setelah satu tahun menjabat GM, Prajogo memutuskan keluar untuk membangun bisnis perkayuan sendiri dengan meminjam modal dari bank. Pada 1970, Prajogo membeli sebuah perusahaan yang sedang krisis finansial, yakni CV Pacific Lumber Coy, yang merupakan cikal bakal Barito Pacific Timber.
Di tangan Prajogo, Barito Pacific Timber maju pesat dan menjadi perusahaan kayu terbesar di Indonesia. Pada tahun 1993, Barito Pacific Timber menjadi perusahaan terbuka dan mencatatkan saham di BEI.
Pada 2007, Barito Pacific Timber berganti nama menjadi Barito Pacific. Kemudian, perusahaannya itu juga melakukan ekspansi bisnis dengan mendirikan PT Chandra Asri Petrochemical Center dan PT Tri Polyta Indonesia Tbk yang menjadi produsen petrokimia terintegrasi terbesar di Indonesia.
Pada Juli 2021, Thaioil mengakuisisi 15 persen saham Chandra Asri. Lalu pada Maret 2022, Barito pacific mengambil alih produsen energi panas Star Energy, dengan mengakuisisi 33 persen saham dari BCPG Thailand seharga 440 juta dolar AS.