Setelah lulus, Kuntjoro bekerja di berbagai perusahaan teknologi. Dia pernah bekerja di Ericsson, ZTE Indonesia, Lucent Indonesia, SIAE Microelettronica, serta terakhir bekerja di Bahasa Kita sebagai CMO dan CTO.
Selain itu, Kuntjoro tercatat pernah menjabat Anggota Komite Manajemen Risiko dan IT BPJS Ketenagakerjaan selama dua tahun (2016-2018).
Pada Pemilu Legislatif 2014, dia menjadi calon anggota legislatif (caleg) Partai Keadilan Sejahtera (PKS). Dia mendaftar lewat daerah pemilihan (dapil) Jawa Tengah X. Gagal jadi caleg, Kuntjoro mengaku keluar dari PKS dan memilih aktif di dunia pendidikan dan bisnis.
Sejak 2014, Kuntjoro juga menjabat dosen tidak tetap di International University Liasion Indonesia, kampus yang didirikan oleh putra BJ Habibie, Ilham Habibie. Dia juga masih aktif sebagai Sekretaris Jenderal (Sekjen) Ikatan Alumni Program Habibie.