Selain itu, Lin Che Wei juga merupakan salah satu ekonom terkemuka di Indonesia. Ia memulai kariernya sebagai analis keuangan di beberapa perusahaan asing antara lain WI Carr, Deutsche Bank Group dan Société Générale.
Dalam melakoni karirnya itu, ia sempat bermasalah dengan Grup Lippo. Adapun masalah yang merugikannya saat itu karena analisisnya membongkar skandal Bank Lippo sehingga ia digugat sebesar Rp103 miliar oleh pengurus Lippo Group.
Selanjutnya, pada 2008, Lin Che Wei mendirikan perusahaan riset yang berfokus pada Analisis Kebijakan dan Analisis Industri di bawah bendera PT Independent Research Advisory Indonesia.
Lin Che Wei mulai terlibat di dunia pemerintahan setelah menjadi panelis di debat Calon Presiden pada 2003.
Ia kemudian menjadi sekretaris tim perundingan antara Pemerintah Indonesia dengan Exxon di dalam mencari penyelesaian ladang minyak di Cepu yang berhasil diselesaikan pada 2006.