Sementara itu, pengalaman jabatan struktural atau pemerintahan di antaranya sebagai Dosen Jurusan Teknik Industri dan Sekolah Bisnis Manajemen Institut Teknologi Bandung (1972-2012), Staf Ahli Menteri Muda UP3DN (1983-1988), Pembantu Asisten Administrasi Menteri Sekretaris Negara RI (1984), Direktur Utama PT Tambang Batubara Bukit Asam (1988-1989)
Lalu, Direktur Utama PT Tambang Timah (1989-1994), Direktur Jenderal Pertambangan Umum, Departemen Pertambangan dan Energi (1993-1997), Deputi Bidang Perencanaan, Badan Kordinasi Penanaman Modal (1997-1998), Menteri Pertambangan Kabinet Pembangunan VII (1998), Menteri Pertambangan Kabinet Reformasi Pembangunan (1998-1999), Direktur Utama PLN (2000-2001).
Lalu, Kuntoro juga pernah menjadi Kepala Badan Pelaksana-Badan Rehabilitasi dan Rekonstruksi/Badan Rehabilitasi dan Rekonstruksi Aceh-Nias (2005), dan Kepala Unit Kerja Presiden bidang Pengawasan dan Pengendalian Pembangunan di Kabinet Indonesia Bersatu II
Selain itu, terdapat sejumlah karya yang dimiliki Kuntoro, yakni IIASA, menghubungkan koordinasi antara Akademisi-Bisnis dan Pemerintahan dan Realisasi 100 Persen dalam Rehabilitasi dan Rekonstruksi Aceh dan Nias akibat Tsunami
Kuntoro juga pernah mendapat sejumlah penghargaan, di antaranya Associatioon of South East Asian Nation (ASEAN) Engineering Excellence award (1996), Honorary Lee Kuan Yew, Exchange Gellow (2006), Ganesha Prajamanggala Bakti Adiutama ITB, atas jasa dan Pengabdian luar biasa sebagai Menteri dalam Kabinet Indonesia (2009), Royal Norwegian Order of Merit–Commander with Star (2012), dan Honoris Causa dari Northeastern University (2012).