Sebelum terjun ke dunia bisnis, dr Boen sempat mengajar sebagai dosen di Fakultas Kedokteran UI selama beberapa tahun. Pada 1963, dia mulai berbisnis dengan mendirikan PT Farmindo bersama sejumlah rekannya, namun perusahaanya tersebut hanya mampu bertahan tiga tahun.
Penyebab kegagalan karena kurangnya pengalaman di bidang pemasaran atau marketing. Boenjamin dan rekannya mampu memproduksi produk obat-obatan, namun gagal mendistribusikannya.
Kegagalan yang dialaminya tidak membuatnya patah semangat. Dia kembali mencoba berbisnis obat-obatan. Kali ini, dia mengajak lima saudaranya, yakni Khouw Lip Tjoen, Khouw Lip Hiang, Khouw Lip Swan, Maria Karmila, dan F. Bing Aryanto.
Kalbe Farma berdiri pada 1966 di garasi mobil. Dari garasi mobil di Tanjung Priok itulah dr Boen mulai memproduksi obat-obatan nasional.
Produk pertama Kalbe Farma adalah bioplasenton. Bioplasenton merupakan merupakan obat yang mengandung Placenta Extract dan Neomycin sulfate yang biasa digunakan untuk luka bakar. Selain itu, produk lain Kalbe Farma yang sukses di pasaran adalah Kalpanax yang merupakan produk OTC.
Pada 1998, Indonesia mengalami krisis moneter. Pada saat itu Kalbe sempat bangkrut, namun dr Boen memutuskan untuk menyelamatkan perusahaan dengan mengambil utang dari luar negeri.
Dia pun berhasil mengembangkan perusahaan farmasi skala kecil menjadi besar. Saat perusahaannya mulai besar, ida mulai mendelegasikannya kepada orang lain.
Mengutip kalbe.co.id, Kalbe tumbuh dan bertransformasi menjadi penyedia solusi kesehatan terintegrasi melalui 4 kelompok divisi usahanya, yakni Divisi Obat Resep dengan kontribusi 23 persen, Divisi Produk Kesehatan dengan kontribusi 17 persen, Divisi Nutrisi dengan kontribusi 30 persen, serta Divisi Distribusi and Logistik dengan kontribusi 30 persen. Kesuksesan Kalbe Farma pun berhasil menjadikan Boenjamin Setiawan sebagai dokter yang sukses berbisnis.
Dia bahkan berhasil masuk dalam daftar orang terkaya di Indonesia versi majalah bergengsi, Forbes. Boenjamin berada di peringkat 8 daftar 50 Orang Terkaya di Indonesia 2022 versi Forbes, dengan kekayaan bersih pada akhir tahun lalu mencapai 4,8 miliar dolar AS.