Pembagian zonasi terdiri dari 4 zona, yaitu Zona 1 (Koneksi Wiyoto Wono-Jatiwaringin) sepanjang 5,1 km, Zona 2 (Koneksi Wiyoto Wiyono-Pondok Kelapa) sepanjang 7,8 km, Zona 3 (Koneksi Wiyoto Wiyono-Jakasampurna) sepanjang 11,9 km, dan Zona 4 (Koneksi Wiyoto Wiyono-Marga Jaya) sepanjang 16,8 km.
Apabila dari arah Bekasi (Gerbang Tol Masuk) bisa melalui GT Jatiwaringin 2 (Zona 1), GT Pondok Kelapa 2 (Zona 2), GT Jaka Sampurna 2 (Zona 3), dan GT Marga Jaya 2 (Zona 4).
Sedangkan, dari Arah Jakarta (Gerbang Tol Keluar) bisa melalui GT Jatiwaringin 1 (Zona 1), GT Pondok Kelapa 1 (Zona 2), GT Jaka Sampurna 1 (Zona 3), dan GT Marga Jaya 1 (Zona 4).
Adapun, Jalan Tol Becakayu dibangun dengan konstruksi layang (elevated) membentang dari wilayah Bekasi sampai wilayah Kampung Melayu dengan total panjang 16,78 km. Jalan Tol Becakayu juga terkoneksi dengan Jalan Tol Ir Wiyoto Wiyono MSc melalui Gerbang Tol (GT) Pisangan.
Saat ini, sebanyak 3 Seksi sudah beroperasi yang terbagi menjadi Seksi 1A (Casablanca-Cipinang) sepanjang 3,5 Km, Seksi 1B dan C (Cipinang-Jakasampurna) sepanjang 8,4 Km, dan Seksi 2A & 2A Ujung (Jakasampurna-Marga Jaya) sepanjang 4,88 Km.
Dengan dioperasikannya Tol Becakayu perjalanan dari Bekasi ke Kampung Melayu dapat ditempuh menjadi lebih cepat hanya dalam waktu 20-30 menit saja. Sebelumnya jika melalui jalan non-tol, waktu tempuh dari Kota Bekasi menuju Jakarta sekitar 60 menit perjalanan lamanya.