Sementara itu, bertepatan dengan mulai ditutupnya rute Jakarta-London nonstop, Garuda memulai kerja sama code share dengan maskapai asal Jepang Japan Airlines.
Melalui kerja sama tersebut, Garuda Indonesia akan menjadi marketing carrier dan akan menempatkan nomor penerbangannya (flight number) pada penerbangan Japan Airlines pada rute Narita Jakarta, Narita-New York dan Narita-Los Angeles untuk rute internasional, serta Haneda-New Chitose, Haneda-Nagoya-Chubu dan Haneda Fukuoka untuk rute intra Jepang.
Sebaliknya Japan Airlines akan menjadi marketing carrier atau menempatkan nomor penerbangannya (flight number) pada penerbangan Garuda Indonesia untuk rute Jakarta-Haneda (pp), Denpasar-Narita pp dan juga Jakarta-Yogyakarta, serta Jakarta-Surabaya pp.
Maskapai Garuda Indonesia sebelumnya telah mengumumkan melalui akun Twitter resminya pada 29 Agustus 2018. "Kami akan bekerja sama dengan mitra maskapai kami untuk membantu penumpang yang terkena dampak perubahan ini untuk memastikan dapat mengatur ulang jadwal perjalanan mereka dan mengakomodasi kembali melalui rute Amsterdam--Jakarta kami atau penerbangan alternatif lainnya," tulis Garuda dalam akun Twitter resminya.