Prajogo hanya mengenyam pendidikan hingga SMP, karena perekonomian keluarganya yang terbatas. Hal ini menyebabkan Prajogo sejak remaja bekerja serabutan bahkan pernah menjadi sopir angkutan umum jurusan Singkawang-Pontianak.
Tidak diduga, profesinya sebagai sopir angkutan malah mengantarkannya bertemu dengan Bong Sung On atau Burhan Uray, pengusaha kayu dari Malaysia, yang mengantarkannya mengenal dunia usaha perkayuan.
Dia kemudian memutuskan bergabung menjadi karyawan di perusahaan milik Burhan, PT Djajanti Grup pada tahun 1969. Hanya dalam jangka waktu tujuh tahun, Prajogo mendapat kepercayaan diangkat menjadi general manager (GM) Pabrik Plywood Nusantara di Gresik.
Setelah satu tahun menjabat GM, Prajogo memilih resign dari perusahaan untuk membangun bisnis perkayuan sendiri dengan meminjam modal dari bank. Pada tahun 1970, Prajogo membeli perusahaan yang sedang mengalami krisis finansial, CV Pacific Lumber Coy. Perusahaan tersebut merupakan cikal bakal Barito Pacific Timber.
Di tangan Prajogo, Barito Pacific Timber melaju pesat dan menjadi perusahaan kayu terbesar di Indonesia. Pada 1993, Barito Pacific Timber menjadi perusahaan terbuka dan mencatatkan saham di Bursa Efek Indonesia (BEI).