Dia kemudian memutuskan bergabung menjadi karyawan di perusahaan milik Burhan, PT Djajanti Grup pada tahun 1969. Hanya dalam jangka waktu tujuh tahun, Prajogo mendapat kepercayaan diangkat menjadi general manager (GM) Pabrik Plywood Nusantara di Gresik.
Setelah satu tahun menjabat GM, Prajogo memilih resign dari perusahaan untuk membangun bisnis perkayuan sendiri dengan meminjam modal dari bank. Pada tahun 1970, Prajogo membeli perusahaan yang sedang mengalami krisis finansial, CV Pacific Lumber Coy. Perusahaan tersebut merupakan cikal bakal Barito Pacific Timber.
Di tangan Prajogo, Barito Pacific Timber melaju pesat dan menjadi perusahaan kayu terbesar di Indonesia. Pada 1993, Barito Pacific Timber menjadi perusahaan terbuka dan mencatatkan saham di Bursa Efek Indonesia (BEI).
Kemudian, Barito Pacific Timber berganti nama menjadi Barito Pacific pada tahun 2007 dan melakukan ekspansi bisnis dengan mendirikan PT Chandra Asri Petrochemical Center dan PT Tri Polyta Indonesia Tbk yang menjadi produsen petrokimia terintegrasi terbesar di Indonesia.
Sebelumnya, pada Juli 2021 Thaioil mengakuisisi 15 persen saham Chandra Asri. Kemudian, pada Maret 2022 Barito pacific mengambil alih produsen energi panas Star Energy, dengan mengakuisisi 33 persen saham dari BCPG Thailand seharga 440 juta dolar AS.
Prajogo Pangestu saat ini menduduki peringkat ke-46 orang terkaya di dunia. Menurut data Real Time Billionaires Forbes, kekayaannya tercatat mencapai 40,6 miliar dolar AS atau setara Rp674,16 triliun.