Selain meningkatkan kuantitas kinerja dari QRIS, BRI terus menjamin keamanan bagi nasabah selama bertransaksi, di antaranya BRI telah melakukan verifikasi data sesuai SOP seperti mewajibkan pihak merchant melampirkan KTP yang langsung tervalidasi ke portal Dukcapil.
Selanjutnya, perjanjian kerja sama wajib untuk ditandatangani pihak pemilik merchant. Hal ini guna mencegah adanya penyajian laporan keuangan palsu secara sengaja atau fraud QRIS.
Lebih lanjut pada prosesnya, marketing BRI selalu melakukan on the spot ke merchant untuk melihat langsung lokasi usaha sehingga memastikan dengan kesesuaian dan profil usaha. Lalu dalam hal penginputan nama merchant, selalu dilakukan verifikasi yang ketat di mana nama usaha disesuaikan dengan signage usaha ataupun clue seperti alamat dan nama jalan. Hal ini guna menghindari adanya penyalahgunaan QRIS oleh merchant.
Jaminan keamanan juga bisa didapatkan pihak merchant, di antaranya dalam mencegah modus penipuan berupa struk palsu dari pembeli. Dalam struk itu telah tertulis nama merchant, jenis barang, dan jumlah transaksi yang telah diperkirakan di awal untuk kemudian ditunjukkan kepada penjual setelah seolah-olah bertransaksi dengan pembayaran menggunakan scan barcode QRIS sehingga penjual telah memberikan barang/jasa-nya namun tidak menerima pembayaran ke rekeningnya.
Untuk mencegah terjadinya penipuan jenis ini, perseroan meminta para merchant untuk menyerahkan barang/jasa apabila sudah terdapat notifikasi masuk, baik dari mesin EDC, SMS notifikasi atau melalui notifikasi BRImo. Merchant QRIS BRI juga bisa mengunduh aplikasi BRIMerchant di PlayStore untuk nantinya digunakan melihat sukses atau tidaknya transaksi yang dilakukan.