Yustinus saat itu resign baik-baik. Dia pun berkonsultasi dengan pimpinan dan pamitan. Setelah itu, dia bergabung dengan salah satu kantor konsultan sebagai karyawan, sambil mengajar di beberapa perguruan tinggi.
"Saya juga pengajar tetap pendidikan kurator sejak 2008. Selain itu, aktivitas di LSM terus berjalan, khususnya riset dan advokasi isu pajak," ujarnya.
Setelah itu, dia pindah ke Kantor Akuntan Publik yang cukup terkenal. Di sana Yustinus banyak belajar meng-handle advisory untuk klien-klien asing. Lalu pada awal Januari 2014, dia mendirikan CITA, sebuah lembaga riset kebijakan pajak.
"Selain aktif mengadvokasi isu perpajakan, saya juga terlibat dalam berbagai kegiatan, termasuk memberikan pelatihan, menjadi narsum seminar lokal dan internasional, dan lain-lain. Saya juga aktif di Tim Transisi Jokowi-JK tahun 2014, bersama Mas Anies Baswedan juga waktu itu," tuturnya.
Pada 2015, Menteri Keuangan saat itu Bambang Brodjonegoro mengajaknya ikut Tim Optimalisasi Penerimaan Perpajakan (TOPP). Tidak lama kemudian, dia bergabung di tim karena alasan independensi.
Setahun kemudian atau pada 2016, ada Program Tax Amnesty. Kala itu, dia terlibat cukup intens di program tersebut, berkeliling bersama banyak lembaga melakukan sosialisasi.