Namun demikian, strategi pemisahan DJP dan Bea Cukai juga tidak luput dari kelemahan, misalnya proses pemisahan waktu yang tidak sebentar dan tentunya membutuhkan anggaran yang tidak sedikit untuk mewujudkannya.
"Ego sektoral di Kemenkeu juga penting dilihat. Ibaratnya kalau DJP-Bea Cukai keluar dari Kemenkeu maka hilang sebagian wewenang Menteri Keuangan. Padahal, soal rancangan APBN dirumuskan bersama Dirjen dan lembaga dibawah kendali Menkeu," kata Bhima.
Dihubungi secara terpisah, Direktur Eksekutif Center of Reform on Economics (CORE) Mohammad Faisal menilai, dampak positif dari pemisahan DJP dan Bea Cukai juga bisa membuat kinerja kedua institusi tersebut menjadi lebih luas dan lebih fokus untuk menarik pajak ke masyarakat dan pelaku usaha.
"Menurut saya kalau harus dipisahkan, keuntungannya mesti jadi fokus, kantor pajak mengumpulkan pajak dari masyarakat dan pelaku usaha untuk meningkatkan tax ratio, dan Kementerian Keuangan untuk urusan yang lain," ujar Faisal.
Meski demikian, Faisal justru menilai ada sedikit kekhawatiran apabila penghimpun pajak masyarakat itu diberikan kewenangan yang lebih luas. Kekhawatiran lembaga tersebut justru menjadi tidak kreatif dan menaikan target pajak yang lebih tinggi, misalnya hanya menaikan pajak masyarakat saja.