Untuk tahap awal, Bandara di Kulon Progo ini akan mengoperasikan sejumlah maskapai seperti Citilink, Airasia, Batik Air, dan Lion air. Pada operasi perdana Bandara ini hanya melayani penerbangan domestik ke Jakarta, Bali, Kalimantan.
Kendati demikian, pada awal operasinya bandara ini belum menyediakan penerbangan rute internasional. Pasalnya, dibutuhkan penyesuaian sekitar dua minggu hingga dua bulan.
"Yang pasti yang available selama ini beroperasi, seperti Singapura dan Malaysia. Sudah (ada pernyataan dari maskapai), tinggal dia memenuhi hal-hal yang sifatnya adminstrasi," tuturnya.
Saat beroperasi penuh, bandara ini bisa menampung 14 juta penumpang per tahun. Angka tersebut setara sembilan kali lipat dari kapasitas Bandara Adisutjipto saat ini.
Dengan kapasitas sebesar itu, Bandara NYIA akan menjadi bandara terbesar ketiga di Indonesia setelah Bandara Internasional Soekarno-Hatta dan Bandara Kuala Namu.