Namun, bangunan stasiun lama yang asli tetap dipertahankan karena ditetapkan sebagai cagar budaya oleh Unit Pusat Pelestarian dan Desain Arsitektur PT KAI. Untuk alasan kenyamanan penumpang, pihak PT KAI dan Direktorat Jenderal Perkeretaapian menyediakan skybridge pada bangunan baru stasiun.
Selain penambahan luas pelayanan stasiun, renovasi stasiun ini menghilangkan level crossing yang diubah menjadi overpass. Selain itu, stasiun baru tersebut dilengkapi dengan fasilitas pelayanan yang lebih baik. Misalnya escalator dan lift untuk memudahkan penumpang khususnya penumpang disabilitas.
Pada lantai pertama terdapat berbagai fasilitas umum seperti musala, tempat wudhu, toilet pria dan wanita, toilet untuk penyandang disabilitas, ruang kesehatan, ruang laktasi, ticket control, loket, serta berbagai ruangan kantor dan pantry. Untuk Konektivitas intermoda antar Kereta Jarak Jauh (Intercity) dan KRL terakomodasi dengan adanya gate tiket di dalam area peron.
Stasiun ini akan memiliki 8 jalur dan 4 peron, dimana jalur 1 dan 2 untuk KRL arah Manggarai, jalur 3 dan 4 untuk KAJJ arah Manggarai, jalur 5 dan 6 untuk KAJJ arah Pasar Senen, dan jalur 7 dan 8 untuk KRL arah Pasar Senen.
Sementara itu, KAI Commuter juga telah menyiapkan berbagai layanan pendukung untuk pengguna KRL di stasiun yang setiap harinya melayani 160 perjalanan KRL untuk lintas Jakarta Kota-Bekasi/Cikarang PP dan Bogor-Jatinegara PP.
KAI Commuter telah memenuhi fasilitas transaksi tiket dengan menyediakan 3 loket khusus pengguna KRL, 1 loket khusus pengguna kereta jarak jauh yang transit dan melanjutkan perjalanan menggunakan KRL, 2 unit vending machine, 9 unit gate elektronik di sisi timur, serta 3 unit gate elektronik di sisi barat yang digunakan pengguna kereta jarak jauh yang transit dan melanjutkan perjalanan menggunakan KRL.
Di stasiun ini, khusus pengguna KRL yang hendak masuk/keluar stasiun dapat menggunakan pintu sisi timur sedangkan pengguna kereta jarak jauh yang baru tiba menggunakan pintu sisi barat untuk keluar stasiun. Stasiun ini juga terintegrasi langsung dengan layanan halte Transjakarta di sisi barat. Hal ini tentu dapat memudahkan pengguna berpindah moda transportasi.