Menurut data Kementerian PUPR, lingkup pekerjaan meliputi pekerjaan struktur, arsitektur, mekanikal elektrikal dan plumbing yang dilakukan pada 2 gedung setinggi 5 lantai yakni Gedung Yudhistira dan Gedung Arjuna. Gedung Yudhistira dengan luas 4.177 m2 memiliki kapasitas 38 tempat tidur. Gedung Arjuna dengan luas 4.505 m2 memiliki kapasitas 69 tempat tidur.
Lantai 1 Gedung Yudhistira diperuntukkan sebagai fasilitas gudang logistik, lantai 2 sebagai poliklinik COVID-29, lantai 3 - 5 ruang perawatan pasien dalam pengawasan (PDP). Sementera pada Gedung Arjuna lantai 1 saat ini sudah dimanfaatkan oleh RSA UGM (tidak ditangani), lantai 2 sebagai ruang ganti medis, lantai 3 sebagai ruang istirahat tenaga kesehatan, lantai 4 ruang perawatan PDP dan lantai 5 sebagai ruang isolasi kritis dengan penghawaan negative pressure.
Biaya penyelesaian Rumah Sakit Akademi UGM sebagai RS Rujukan Penanganan Covid-19 diperkiraan sebesar Rp 60 miliar. Penyelesaian RS Akademi UGM dan penambahan fasilitas di RS Covid-19 Lamongan dilaksanakan sesuai Protokol Kesehatan Covid-19, antara lain dengan menjaga jarak fisik, menggunakan masker dan menghindari kerumunan.