Periode kedua dilanjutkan pads April 2021 hingga Maret 2022. Pada tahap tersebut pemerintah menargetkan sebanyak 181,5 juta orang yang akan divaksinasi.
Adapun skema tahapan pelaksanaan vaksinasi itu sudah dituangkan dalam Keputusan Direktur Jenderal Pencegahan dan Pengendalian Penyakit Nomor HK.02.02/4/1/2021 tentang Petunjuk Teknis Pelaksanaan Vaksinasi dalam Rangka Penanggulangan Pandemi Covid-19.