Indonesia adalah satu-satunya tempat di dunia untuk melihat Komodo di alam liar. Dua habitat kadal purba raksasa yang paling populer di antaranya ada di Pulau Rinca dan Pulau Komodo, Nusa Tenggara Timur. Kedua pulau tersebut masuk sebagai taman nasional yang sangat dilindungi.
Selain Komodo, Indonesia juga merupakan rumah untuk primata endemik, Orangutan. Sumatera dan Kalimantan menjadi pulau tempat habitat terakhir Orangutan di alam liar. Wilayah yang kerap dijumpai orang utan antara lain adalah kawasan Taman Nasional Gunung Leuser.