Akan tetapi, Mahathir menyingkirkan Anwar pada 1998, yang kemudian menyebabkan suami Wan Azizah Wan Ismaik itu menghabiskan masa enam tahun berikutnya di dalam penjara atas dakwaan karena penyalahgunaan kekuasaan dan sodomi. Anwar kembali dipenjara pada 2015 dengan tuduhan sodomi yang lainnya.
Anwar mengatakan, Mahathir "tampaknya cukup tulus" mengunjunginya di penjara dan gedung pengadilan menjelang Pemilu 2018. Menurut dia, Mahathir memintanya untuk bekerja sama dan membuat janji secara pribadi, dan di depan umum, hingga menandatangani dokumen.
Keduanya berhasil menggulingkan kekuasaan mantan Perdana Menteri Najib Razak. Setelah meraih kemenangan pada Pemilu 2018, Anwar menerima grasi kerajaan dan dibebaskan dari penjara.
Anwar mengatakan, dia kini berencana untuk melanjutkan perjuangan dan fokus pada masalah penderitaan rakyat.