Dianggap sebagai permata arsitektur Islam, struktur bangunan itu didirikan sebagai masjid di atas bekas gereja yakni antara abad ke-8 dan ke-10 oleh penguasa atau pemimpin Dinasti Umayyah, Muslim Abd Al Rahman.
Setelah umat Kristen menaklukkan kembali Spanyol pada abad ke-13 di bawah Raja Ferdinand III dari Kastilia, situs ini diubah menjadi katedral. Sejak itu perubahan arsitektur terus dilakukan selama berabad-abad berikutnya.
Masjid-Katedral Cordoba masuk dalam daftar situs Warisan Dunia UNESCO pada 1984 dan dikunjungi sekitar 2 juta orang setiap tahun.