Karier politik suami dari Wan Azizah Wan Ismail itu semakin menanjak ketika menerima ajakan Mahathir Mohamad untuk bergabung dengan UMNO dan pemerintahan.
Sejak itu, Anwar menempati sejumlah posisi penting, mulai dari Menteri Pemuda dan Oahraga, Menteri Kebudayaan, Menteri Pertanian, Menteri Pendidikan, hingga Menteri Keuangan pada 1991 dan Wakil Perdana Menteri pada 1993.
Krisis moneter Asia 1997–1998 menjadi titik balik hubungan Anwar dengan Mahathir. Sebagai Menteri Keuangan saat itu, Anwar menolak usulan Mahathir untuk menyelamatkan perusahaan-perusahaan besar dengan dana negara. Tak lama kemudian, dia dipecat dan dituduh melakukan korupsi serta sodomi.
Anwar membantah seluruh tuduhan dan menyebutnya sebagai konspirasi politik. Dia dipenjara pada 1999, namun dibebaskan beberapa tahun kemudian setelah Mahkamah menyatakan bukti yang diajukan tidak sah.
Pasca pembebasan, Anwar sempat aktif di dunia akademik, mengajar di berbagai universitas ternama seperti Oxford, Georgetown, dan Johns Hopkins.