Pada 2017, International Union for Conservation of Nature (IUCN) menerbitkan laporan yang mengategorikan spesies tersebut sangat terancam punah atau kemungkinan akan punah. IUCN mengindikasikan kura-kura Chelonoidis Phantasticus belum sepenuhnya punah.
Beberapa penampakan kura-kura diduga Chelonoidis Phantasticus juga terungkap dalam survei di daerah terpencil Pulau Fernandina pada 1964. Tim mendokumentasikan beberapa kura-kura besar.
Survei menggunakan pesawat pada 2009 juga mengindikasikan penampakan kura-kura spesies yang belum dikonfirmasi, kemungkinan besar Chelonoidis Phantasticus.
"Penampakan dan tanda-tanda ini, meskipun perlu verifikasi melalui survei lebih luas, menunjukkan kemungkinan bahwa spesies tersebut tetap ada dalam jumlah sangat kecil," kata IUCN.
Survei yang dilakukan otoritas Galapagos akhirnya memastikan Chelonoidis Phantasticus masih ada.
Di kepulauan Galapagos ada 12 spesies kura-kura termasuk Chelonoidis Phantasticus. Setiap spesies mendiami masing-masing pulau utama kepulauan Galapagos, yang dijadikan situs Warisan Dunia oleh Unesco sejak 1979.