Ini berbeda dengan keterangan kapten pesawat Penjaga Pantai, satu-satunya korban selamat, bahwa pesawatnya memasuki landasan pacu karena mendapat izin.
Menteri Perhubungan Tetsuo Saito menegaskan pihaknya sudah memberikan bahan yang obyektif dalam kejadian tersebut. Semua dilakukan untuk mengungkap sejelas-jelasnya apa yang terjadi.
"Kementerian Perhubungan menyampaikan bahan yang obyektif dan akan sepenuhnya bekerja sama dengan ... dalam penyelidikan untuk memastikan kita bekerja sama dalam mengambil semua tindakan keselamatan yang mungkin dilakukan guna mencegah terulangnya kejadian serupa," kata Saito.
Badan Keselamatan Transportasi Jepang (JTSB) juga ikut menyelidiki insiden tersebut, bersama dengan perusahaan-perusahaan terkait seperti Airbus dari Prancis dan produsen mesin Inggris, Rolls-Royce.
JTSB juga sudah menemukan alat perekam suara dari pesawat Penjaga Pantai.
Kepolisian Tokyo juga ikut menyelidiki apakah ada unsur kelalaian manusia dalam kecelakaan yang menelan korban jiwa tersebut atau tidak. Polisi membentuk tim khusus untuk melakukan penyelidikan di Bandara Haneda serta meminat keterangan pihak-pihak terkait serta saksi.