Pejabat di Okayama mengatakan, tiga orang tewas dan enam lainnya hilang. Enam rumah hancur dan hampir 500 terendam. Perintah evakuasi dikeluarkan untuk lebih dari 910.000 orang di daerah itu.
Di Hiroshima, beberapa orang tewas akibat longsor. Lalu di Kyoto, beberapa jenazah ditemukan di rumah yang runtuh.
Di kota Mihara, sebelah selatan Hiroshima, proses evakuasi dihentikan sementara karena hujan lebat.
Jalan-jalan berubah menjadi sungai berlumpur. Banjir menyeret banyak mobil.
"Daerah itu sudah berubah menjadi lautan. Saya khawatir karena tidak tahu sampai kapan akan seperti ini," kata Nobue Kakumoto, warga Mihara berusia 82 tahun.
Ini merupakan bencana alam akibat hujan deras paling mematikan di Jepang dalam empat tahun. Pada 2014, setidaknya 74 orang tewas akibat hujan deras yang memicu tanah longsor di Hiroshima.