Setahun setelahnya, Singapura resmi menjadi bagian dari Federasi Malaysia. Namun, hal ini tak berlangsung lama sebab Singapura lepas dari pangkuan Malaysia pada 1965.
Pemicu terlepasnya Singapura adalah adanya berbagai perbedaan yang menghantui hubungan kedua pihak, mulai dari ideologi, ketidaksetaraan dalam perlakuan, dan konflik di bidang ekonomi.
Dalam penelitian bertajuk ‘Penyebab, Proses, dan Dampak Keluarnya Singapura dari Malaysia’, disebutkan Singapura menuntut agar kedudukannya sebagai pusat perindustrian, pelabuhan, dan perdagangan tidak disaingi oleh Malaysia atau kerajaan pusat. Singapura juga menginginkan adanya keistimewaan menyangkut cukai dari kerajaan.
Selanjutnya, masyarakat Singapura menghendaki kesamaan (kesetaraan) hak untuk seluruh rakyat tanpa pandang bulu. Merasa suasana tidak kondusif dan membuka lebar peluang konflik, Perdana Menteri Malaysia Abdul Rahman mendesak parlemen untuk mengeluarkan Singapura dari Malaysia.
Pada 9 Agustus 1965, Parlemen Singapura mengesahkan UU pemisahan Singapura dari Malaysia. Maka dari itu, Singapura meraih kemerdekaannya secara penuh dan terpilihlah Lee Kuan Yew sebagai perdana menteri pertama.
Dalam pidatonya pada Minggu, Mahathir mengatakan Singapura pernah dimiliki oleh Johor. Oleh karena Johor dan negara bagiannya harus menuntut agar Singapura bisa diambil kembali ke Malaysia.
“Namun, tidak ada tuntutan apa pun dari Singapura. Sebaliknya, kami menunjukkan apresiasi kepada kepemimpinan negara baru bernama Singapura,” ujarnya.