Dua pekan kemudian atau pada 3-4 Juni malam, militer mengakhiri protes menggunakan senjata, menewaskan ratusan warga sipil tak bersenjata. Laporan lain menyebut korban tewas lebih dari 1.000 orang.
Keputusan menggunakan kekuatan militer untuk membubarkan demonstran memang diambil secara bersama, namun Li tetap dianggap sebagai sosok yang paling bertanggung jawab atas pembantaian ini.
Meski tangannya berlumur darah, dia tetap menjadi perdana menteri selama lebih dari 11 tahun atau hingga 1998, serta menjadi ketua parlemen sampai 2003.
Di China, jabatan perdana menteri merupakan yang tertinggi kedua di bawah presiden yang saat itu dijabat Jiang Zemin.