Namun, kinerja Mukherjee sebagai menteri keuangan dikritik karena gagal mendorong upaya liberalisasi ekonomi.
Pada 2012, dia pindah dari politik aktif dan mengambil posisi seremonial sebagai presiden untuk jabatan 5 tahun, sampai 2017.
Dalam keterangannya Perdana Menteri Narendra Modi yang merupakan musuh bebuyutan karena berasal dari partai berlatar belakang berbeda, mengatakan Mukherjee meninggalkan jejak tak terhapuskan dalam pembangunan India.
"Seorang sarjana terakhir, seorang negarawan menjulang tinggi, dia dikagumi di seluruh spektrum politik," kata Modi, dalam cuitan.
Sementara itu presiden India saat ini Ram Nath Kovind menyebut Mukherjee sebagai sosok berjasa besar bagi masyarakat yang melayani India dengan penuh bijaksana.