Setelah itu dia dituduh ikut serta dalam persekongkolan kudeta terhadap Sassou Nguesso dan dipenjara dari 1987 hingga 1990.
Dia dibebaskan beberapa bulan sebelum konferensi nasional 1991 yang memperkenalkan politik multipartai di negara Afrika tengah itu.
Setelah itu Yhombi Opango mendirikan Partai Persatuan untuk Demokrasi dan Pembangunan namun kalah dalam pemilihan presiden pada 1992.
Yhombi Opango kemudian bersekutu dengan presiden terpilih Pascal Lissouba, lalu menjadi perdana menteri pada 1994 dan 1996.
Ketika perang saudara pecah di Kongo pada 1997, Yhombi Opango melarikan diri ke pengasingan di Prancis. Dia akhirnya pulang pada 2007, namun harus membagi waktu antara Prancis dan Kongo karena masalah kesehatan.