Pada Oktober 2020, di tengah pandemi virus corona, Mujica memutuskan mundur dari politik, termasuk menyerahkan jabatan kursi Senat.
Dia mengatakan, sistem kekebalan tubuh yang melemah berisiko tinggi baginya jika tetap bekerja, apalagi harus bertemu banyak orang.
"Sejujurnya, saya mundur karena pandemi mengusir saya," katanya, saat itu.