Tokyo Camii adalah masjid yang bersejarah. Rumah ibadah itu awalnya dibangun bersamaan dengan sekolah yang berdampingan di lokasi yang sama pada 12 Mei 1938 oleh imigran Bashkir dan Tatar dari Rusia yang datang ke Jepang setelah Revolusi Oktober.
Masjid itu dibuat di bawah arahan Abdurreshid Ibrahim (imam pertama masjid) dan Abdülhay Kurban Ali.
Pada 1986, masjid terpaksa dibongkar karena strukturnya mengalami kerusakan yang parah. Di bawah arahan dan dukungan Direktorat Urusan Agama Turki, sebuah bangunan baru didirikan pada 1998.
Arsitek masjid itu adalah Hilmi Senalp. Ornamennya didasarkan pada arsitektur yang sarat nilai religius dari budaya Turki Usmani.
Proses detail finishing masjid itu melibatkan sekitar 70 perajin Turki. Pembangunan ulang Tokyo Camii rampung pada 2000 dengan menelan biaya total sekitar 1,5 miliar yen.