Dengan kemampuan tersebut, HAARP diduga dapat pula merekayasa bencana buatan di wilayah tertentu, baik dalam skala kecil maupun besar. Misalnya, hujan, badai, tornado, bahkan gelombang tinggi atau tsunami.
Oleh karena itu HAARP diterpa sejumlah teori konspirasi. Ada yang menuding HAARP adalah pihak yang harus disalahkan atas tanah longsor di Filipina pada 2006 serta gempa bumi dan tsunami di Jepang pada 2011.
Pada 2010 presiden Venezuela Hugo Chaves menyalahkan HAARP atas gempa Haiti pada tahun tersebut. Selain itu, ada pula teori konspirasi yang menyatakan HAARP mampu mengontrol pikiran hingga mengubah tatanan realitas.