Ketegangan antara Indonesia dan Malaysia tetap berlanjut dan semakin memanas setelah PBB mencoba mengakhiri konflik dengan mengangkat Malaysia menjadi anggota Dewan Keamanan PBB.
Sebelum menyatakan diri keluar dari PBB, Indonesia sebenarnya telah mengirimkan surat ancaman agar PBB menghentikan rencana pengangkatan Malaysia sebagai anggota Dewan Keamanan PBB.
Namun karena tidak dihiraukan oleh PBB dan Malaysia tetap diangkat menjadi anggota Dewan Keamanan PBB, Indonesia akhirnya benar-benar mengeluarkan diri untuk tetap mempertahankan harga diri bangsa..
Secara resmi, Indonesia melalui Menteri Luar Negeri dr. Soebandrio mengirimkan surat pernyataan keluar dari PBB pada tanggal 20 Januari 1965.
Meskipun mendapat dukungan dari Cina, banyak dari negara anggota PBB yang menyayangkan sikap Indonesia tersebut.