Menteri Mustapa mengonfirmasi dirinya positif Covid-19 pada Minggu (10/1/2021). Dia menjalani tes di Kota Baru, Negara Bagian Kelantan, sebagai syarat melakukan perjalanan dari Kuala Lumpur.
Dia kini menjalani perawatan di Rumah Sakit Raja Perempuan Zainab II di Kota Baru, namun kondisinya stabil.
Dia menjadi anggota kabinet kedua pemerintahan Perdana Menteri Muhyiddin yang dinyatakan positif virus corona, setelah Menteri Agama Zulkifli Mohamad Al Bakri pada Oktober lalu.