Dia mengenyam pendidikan di sekolah elite Kristen, Mfantsipim, pada 1954 hingga 1957. Dia lulus di tahun yang sama saat Ghana meraih kemerdekaan dari Inggris.
Setelah itu, dia melanjutkan studi di Kampus Sains dan Teknologi Kumasi pada 1958 dan lulus dengan gelar sarjana ekonomi. Dari situ dia mulai melanglang buana. Anna mendapat beasiswa dari Ford Fondation untuk melanjutkan studi ekonomi di Kampus Macalester di Saint Paul, Minnesota, AS, pada 1961. Perjalanannya menuntut ilmu dilanjutkan ke Jenewa, Swiss, dan lulus pada 1962.
Karier di PBB dimulai pada 1962 dengan bergabung sebagai staf administrasi dan anggaran di badan PBB, Organisasi Kesehatan Dunia (WHO).
Dia sempat istirahat dari PBB dan pulang ke Ghana dengan bekerja sebagai direktur pariwisata pada 1974-1976.
Pada 1980-an, Annan kembali bekerja untuk PBB sebagai Asisten Sekjen untuk tiga posisi berturut-turut, yakni koordinator manajemen sumber daya manusia dan keamanan (1987-1990); perencanaan program, anggaran dan keuangan; pengawas (1990-1992); serta operasi pemeliharaan perdamaian (1993-1996).