Dua tahun kemudian, tepatnya 31 Oktober 2005, Abe menjadi kepala sekretaris Kabinet di bawah Perdana Menteri Junichiro Koizumi. Setahun setelahnya, Abe menjadi presiden LDP setelah pemilihan pemimpin, tepatnya 20 September 2006.
Sepekan kemudian, pada 26 September, Abe diangkat sebagai perdana menteri ke-90 Jepang.
29 Juli 2007, LDP di bawah kepemimpinannya mengalami kekalahan dalam pemilihan Dewan Penasihat. Pada 12 September di tahun yang sama, Abe mengumumkan niatnya untuk mengundurkan diri sebagai perdana menteri.
Pada tanggal 26 September 2012, Abe kembali terpilih menjadi pemimpin LDP. Pada 26 Desember 2012, Abe menjabat sebagai perdana menteri ke-96 Jepang.
Pada 24 Desember 2014, Abe diangkat sebagai perdana menteri ke-97 Jepang. Pada 1 November 2017, dia kembali diangkat sebagai perdana menteri ke-98 Jepang.
Abe mengumumkan pengunduran diri sebagai perdana menteri karena penyakit usus kronisnya kambuh tepatnya pada pada 28 Agustus 2020. Pada 11 November 2021, Abe menjadi ketua faksi terbesar LDP.
Hingga pada 8 Juli 2022, Abe diserang oleh seorang pria bersenjata di Prefektur Nara. Dia meninggal meski telah mendapat perawatan medis beberapa jam pascaditembak.