Sejak digulingkan, dia masuk tahanan dan menjalani hukuman penjara selama tujuh tahun dalam kasus pemalsuan permohonan pencalonan presiden pada 2012.
Di bawah pemerintahan yang sekarang, Mursi menghadapi berbagai dakwaan termasuk spionase. Pihak berwenang juga menyasar para pendukungnya dan menggolongkan Ikhwanul Muslimin sebagai organisasi teroris.
Kasus mata-mata itu dikaitkan dengan kontaknya dengan kelompok militan Palestina, Hamas.