Pada 2012, Abe mencalonkan diri sebagai Perdana Menteri Jepang dan kembali terpilih mengalahkan kandidat lainnya yaitu Shigeru Ishiba, Menteri Pertahanan Jepang saat itu. Di kesempatan kedua ini, Abe mampu menuntaskan mandatnya sampai 2014.
Menyandang status incumbent, Abe kembali memenangkan pemilihan Perdana Menteri Jepang untuk ketiga kalinya. Dia mengabdi untuk periode 2014 hingga 2017.
Abe melanjutkan kepemimpinannya setelah menang dalam pemilihan Perdana Menteri Jepang tahun 2017. Di awal periode keempat pemerintahannya, Abe dihadapkan pada bencana Topan Lan yang merupakan bencana topan terbesar pada 2017.
Sejarah seperti berulang, Abe terpaksa mundur sebelum masa jabatannya usai pada September 2020 karena masalah kesehatan.
Sebelum mengundurkan diri, dia memecahkan rekor sebagai pria yang menjabat perdana menteri terlama dalam sejarah Jepang.