Pada 1236 M, Cordoba ditaklukkan kembali oleh Raja Ferdinand III dari Kastilia dalam Reconquista. Masjid Cordoba pun diubah menjadi Katedral Katolik Roma dengan nama Catedral de Nuestra Senora de la Asuncion.
Pada abad ke-16, Raja Charles V menyetujui pembangunan gereja bergaya Renaisans di tengah bangunan masjid. Perubahan ini menimbulkan perpaduan unik antara arsitektur Islam dan Kristen yang bisa dilihat hingga sekarang.
Masjid-Katedral Cordoba diakui sebagai Situs Warisan Dunia UNESCO pada 1984. Saat ini, bangunan ini menjadi salah satu destinasi wisata dan penelitian sejarah terpenting di Spanyol, serta simbol toleransi dan percampuran budaya.
Masjid-Katedral Cordoba bukan hanya saksi bisu peralihan kekuasaan dari Muslim ke Kristen, tapi juga lambang kemajuan ilmu pengetahuan, seni, dan arsitektur di Andalusia. Dia menjadi pengingat bahwa Cordoba pernah menjadi salah satu pusat peradaban paling cemerlang di dunia.